L’installation de pompage est placée soit hors-sol dans un abri, soit sous la forme d’une pompe de piscine immergée.
Le débit de la pompe doit permettre à l’ensemble de l’eau du bassin de passer au moins deux fois par jour dans le bassin d’épuration, soit toutes les 5 ou 6 heures. En été, la pompe fonctionne en permanence, alors qu’en hiver quelques heures par jour suffisent.
L’ensemble du système est enterré ou à l’abri, donc pas de problème de gel.
Un pré filtre (vortex, filtres à grille, filtres à brosse, cuve de décantation…) en amont du lagunage est indispensable afin de réduire l’entretien de ce dernier et éviter un colmatage. Des bondes de fond sont nécessaires pour l'alimentation en eau du filtre et de la lagune. Il faut aussi prévoir des traversées de parois pour le(s) skimmer(s).
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